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（1）人事秘书科
协调处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织，起草有关重要报告和文件；负责局机关及所属单位的机构设置、人事调配、干部考核、任免、奖惩、劳动工资、人事档案及职称晋升、聘用、考核工作；组织实施财政系统表彰活动；拟定并组织实施财政系统的干部教育、培训规划；负责局机关离退休老干部管理及计划生育；综合办理人大政协议案提案；负责财政信息、宣传；负责文电、档案、保密、信访管理工作；负责机关财务、综合治理、爱国卫生、后勤服务、局域网维护和计算机管理工作。
（2）预算科（政府采购管理办公室）
研究财政预算分配政策和预算管理改革，拟定预算管理等制度；编制年度财政预算草案和预算外资金收支计划；汇总年度全市预决算；负责分析预算执行情况；管理财政专项资金投放项目库；管理罚没收入、罚没票据、罚没物资；汇总审核各部门人员经费和公用经费支出标准和定额；审查和报批部门预算；提出增收节支和平衡财政收支政策的措施与建议；负责财政转移支付工作；统一办理预算追加追减事宜；参与对乡镇财政的管理指导工作；负责人民教育基金的征管。
提出科教文口、建设口、社保口及行政政法等部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；监督单位的财务运行和收支预算执行情况，审核有关部门、单位的财务决算。
贯彻执行社会保障的财政政策和财务制度；审核社会保障部门提出的支出用款计划，分析社保基金收支情况，对社保扩面以及基金收缴情况进行考核；负责再就业经费等专项资金的管理。
研究地方税制改革；管理税收减免、退税、返还工作；调查税源情况，研究税负水平；监督税收法规和政策的执行情况。
贯彻执行政府采购法规、政策；制订政府采购管理办法及配套制度；研究拟定政府采购的中长期计划；管理和监督政府采购活动；收集、统计、发布政府采购信息；组织政府采购人员的培训；负责进入政府采购市场的供应商和专家资格审查工作，并建立供应商和专家信息库；审查社会中介机构取得政府采购业务的代理资格；确定并调整政府集中采购目录和公开招标范围的限额标准；编制采购机关年度政府采购预算；处理政府采购中的投诉事宜；负责控制社会集团购买力的有关工作。
（3）国库科
执行国家金库管理制度和政府总预算会计制度；根据财政收支预算调度财政资金；跟踪分析地方预算执行情况；编制财政总决算；统一管理市级部门的银行开户；研究和推行国库集中支付制度；贯彻执行国家内债政策和管理制度；负责与财政审计有关的工作。
（4）综合科（预算外资金管理办公室）
研究财政发展战略和财政分配政策，编制中长期财政计划和综合财政收支计划，拟定财力综合平衡方案，提出运用财税政策调控经济的建议；贯彻制定预算外资金管理政策及规章制度；负责市级预算外资金的征收管理；负责管理全市政府性基金和行政事业性收费项目，并参与标准的确定和全市治乱减负工作；统一管理全市行政事业性收费和政府性基金票据，检查指导票据的使用；监管社会彩票市场；参与住房、物价、工资和国有土地(矿产资源)使用政策的研究和制度改革，负责住房资金的财务管理及国土专项资金的结算；负责综合性财政统计工作。
（5）经济建设科
负责基本建设财务管理和财政拨款项目以及国债项目的管理；负责城市维护建设资金(包括污水处理费和自来水加价水费等)的财务管理；负责财政支持项目的资金管理；协助有关部门进行项目的可行性研究和效益分析，提出项目经费预算安排的建议，监督项目实施中资金的管理使用情况，以及对竣工项目的决算管理；负责市场物价调节基金及粮食风险基金的征管；管理物资、粮食、棉花、食糖、医药等专项储备资金和政策性补贴；监督单位的财务运行和收支预算执行情况，审核单位的财务决算。
（6）农业财务科
负责农口企事业单位的财务管理并拟定相应的管理制度；负责农口企业的财务管理和国有资产基础管理工作；研究提出农口部门的经费开支标准、定额及年度部门预算安排的建议；负责财政支持项目的资金管理，协助有关部门进行项目的可行性研究和效益分析，监督项目实施中资金的管理使用情况；拟订农口部门、单位和项目资金的财务管理办法；监督农口部门、单位的财务运行、收支预算及部门预算执行情况；审核农口部门、单位的财务决算，参与农业专项资金收支管理。
贯彻实施国家、省、苏州农业综合开发的有关政策及资金、财务管理制度；参与编制全市农业综合开发规划和年度计划；负责全市国家、省、苏州立项农业综合开发项目的资金及财务管理；参与全市防洪保安工程年度计划的制定，负责制定防洪保安资金的征管政策，负责防洪保安资金及土地复垦整治专项资金的筹集、使用和管理；负责生猪发展基金等农业发展基金的筹集、使用和管理。
负责全市农业税收（包括农业税、农业特产税、耕地占用税、契税)和围垦造地专项资金的征收管理；贯彻实施农业税收政策、法规，拟定具体的征收管理办法并组织实施；对有关法律、法规在执行中的有关问题进行解释和处理；指导全市农业税收征管业务；办理农业税、农业特产税灾歉减免的具体事项，负责耕地占用税和契税的减免事宜；指导乡镇财政的管理工作等。
(7)企业科
贯彻执行国有企业财务管理的各项制度；负责国有企业资产权属的界定、登记、转让的有关管理工作，参与国有企业的改制、租赁、拍卖、兼并、破产等有关政策的研究制定和实施，参与组建企业集团、实行股份制改革等工作；负责监管国有企业(农财科分管企业除外)财务；编制国有(集体)企业资产经营预算方案；制定收益收缴办法；负责企业亏损补贴、扭亏贴息资金、技改贴息、财政对企业的专项补助、中小企业科技创新基金、星火和火炬贴息资金的有关管理工作。
指导和监督旅游、外商投资企业和境外企业的财务管理；贯彻执行国家关于外债管理的政策法规并研究拟定有关配套实施办法；监管世界银行及其他国家金融组织贷款；负责地方商业银行和非银行金融企业的财务、资产监管工作；管理党政机关、事业单位和社会团体非贸易外汇财务工作。
（8）国资科
拟定和执行国有（集体）资产管理的政策、改革方案、管理办法；组织协调国有（集体）资产管理体制改革中的有关工作；负责对市属国有（集体）资产授权投资主体的日常管理工作；制定并实施国有（集体）资产授权经营公司保值增值考核指标及法人代表奖惩考核办法，承担国有资本金基础管理的有关具体工作；研究制定企业财产评估政策和制度，负责国有（集体）资产评估管理和监督检查工作。
负责拟定公共资源的统计评价政策；建立公共资源统计报告制度和统计评价指标体系；负责公共资源的统计分析，建立公共资源数据库；拟定清产核资的方针政策及有关制度和办法；组织实施清产核资工作和效绩评价工作。
（9）会计管理科
管理会计工作；贯彻执行国家的会计法令、规章和制度，起草相关的配套实施细则和办法；负责会计执法检查工作；指导和管理社会审计工作；负责会计学会、珠算协会管理；组织和管理会计人员的业务培训；负责会计职称、会计人员从业资格和执业资格方面的有关管理工作；指导和监督会计电算化工作；指导实施会计委派制工作；管理全市有关会计行为的技术鉴定工作。
（10）监督检查科
负责财政法制宣传教育工作；拟定并组织实施财政行政执法责任制；承担国家赔偿方面的有关工作；承担行政复议和行政诉讼的有关工作。拟定财政监督的政策和制度；监督财税法律、法规、规章、政策的执行情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；依法查处违反财经纪律和打击报复的案件；监督局内部各科室在预算编制和执行过程中执行财政法规、政策和制度的情况；配合有关部门监督局属单位财务收支管理情况。
另按有关文件规定设置纪检组。
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